Российская инженерная академия проводит научную и инновационную деятельность по следующим основным направлениям:

• обновление промышленных мощностей новым современным оборудованием с использованием компьютерных технологий;
• внедрение в промышленное производство систем управления, отвечающих мировым рыночным требованиям (международные стандарты, унификация, патенты, электронный рынок и др.);
• создание условий, обеспечивающих безопасность человека и среды обитания;
• восстановление и обновление технических систем ЖКХ;
• развитие новой энергетики, в том числе нетрадиционной;
• совершенствование транспортной структуры больших городов;
• судостроение;
• массовые перевозки железнодорожным, морским, речным, автодорожным и воздушным видами транспорта и их взаимосвязи;
• широкое использование биотехнологии;
• применение новых материалов;
• организация мониторинга природных и техногенных явлений;
• решение инженерных проблем конверсии и использование двойных технологий;
• нефтегазовые технологии;
• организация общественной экспертизы крупных технических проектов;
• решение проблемы интеллектуальной собственности в рыночных условиях: защита патентами технологий и создание нематериальных активов, в том числе введение интеллектуальной собственности в хозяйственный оборот;
• подготовка и профессиональная переподготовка инженерных кадров.

Среди общепризнанных, имеющих важное научное и государственное значение, результатов деятельности РИА можно отметить:

• принцип вывода на орбиту спутников с использованием системы «самолет–ракета»;
• меры по спасению водных ресурсов России (программа «Большая Волга»), в том числе малых рек европейской части, решение проблемы питьевой воды и т.д.;
• участие в освоение прибрежного шлейфа арктических морей;
• методы мониторинга окружающей среды с использованием современных информационных технологий;
• новая система для большегрузных перевозок в районах Крайнего Севера – экранопланы и сухогрузы-ледоколы для льда толщиной 2 метра;
• очистные системы, в том числе по биологической очистке;
• программа комплексного использования сырья лесных регионов;
• новые материалы на основе углеродных, базальтовых и других волокон;
• получение впервые в мировой практике тканых материалов с введением в их химический состав тяжелых металлов для защиты человека от ядерных излучений;
• уникальные строительные материалы и конструкции из металлических и железобетонных мембран;
• создание новых видов и технологий изготовления ячеистых бетонов, позволяющих обеспечить теплоизоляционными материалами строительство;
• новые энергосберегающие технологии с использованием нетрадиционных источников энергии, в том числе с применением биотехнологии;
• использование в целях ресурсосбережения лесотехнических технологий для получения гранул топлива;
• создание и способы реконструкции магистрального транспорта мегаполиса на примере города Москвы (получено 12 патентов);
• развитие новых видов локомотивов для обеспечения массовых пассажирских и грузовых перевозок.